他们用了3个多月才越过阿拉伯海，由于热病和坏血病，许多船员死亡，最后不得不把圣拉斐尔号抛弃烧毁。龙腾小说 ltxsba.com达?伽马带着剩下的不足1/3的人和两条船返回。为了救治病重的哥哥保罗，达?伽马在亚速尔群岛停了下来，这是葡萄牙人的一个基地，贝里尔号先期于7月10日返回里斯本。保罗最后还是不治身亡了，达?伽马于9月回到里斯本。虽然损失重大，但达?伽马从印度带回来的胡椒和肉桂价值相当于他远征总花费的60倍。整个葡萄牙都轰动起来了，因为达?伽马到达的是真正的东方，是欧洲人想象中黄金遍地的地方，而不是哥伦布发现的荒凉的“印度”，虽然带回来的东西不多，但前途十分光明，大量的财富就在前方闪闪发光，向葡萄牙招着手。从此，葡萄牙的探险时代结束，开发时代来临。
倒霉的迪亚士
很快地，大喜过望的曼努埃尔派出了另一支远征队，这一次的任务不是探险，而是征服印度，控制香料贸易。1500年3月9日，庞大的舰队出发了，它包含有13艘船和1200人，占当时葡萄牙总人口的1‰,虽然与郑和船队的规模不能比，但对照以前的探险少则一条船，多则四条船的规模，可以说是空前的，也反映出国王志在必得的雄心壮志。舰队的指挥官是毫无航海经验的贵族佩德罗?阿尔瓦雷斯?卡布拉尔，发现好望角的迪亚士担任其中一条船的船长。卡布拉尔受命告知卡利卡特的王公关于基督徒与穆斯林之间的世仇。这种世仇使得每个天主教国王都负有对神圣信仰的敌人进行战争的责任。舰队根据达?伽马的建议，远离非洲西南海岸，绕一个弧形向西南方向前进。但这个弧形绕得有点太大了，以至他们到达了南美大陆东部隆起的地方，巴西就这样被发现了。卡布拉尔派一艘船回去报信，余下的船继续航程。在好望角附近，他们遇到了大风暴，有4艘船被毁，船上人员全部遇难，其中包括迪亚士，迪亚士曾闯过了印度航线的最艰险的道路，但最终他还是没能到达真正的印度。
在印度建立永久据点
1500年9月，卡布拉尔到达卡利卡特，途中他们还发现了马达加斯加。卡利卡特，是当时著名的贸易中心，中国古籍中称为“古里”，郑和船队曾多次到达这里，约比达?伽马早80年。现在的情况对葡萄牙人来说非常糟糕，他们在卡利卡特设立商站收购香料的行为损害了当地穆斯林大商人的利益，他们威胁沙末林说如果不采取措施，他们就到别的港口进行贸易，沙末林就得不到税收。卡布拉尔则给沙末林施加压力，要求给予优先进货的权利，并且在他们没满载以前，穆斯林商人不得进货，不得开船。后来，他动用武力洗劫了一艘穆斯林商船。这引起了众怒，导致了1500年12月16日的商站事件，穆斯林大商人袭击了商站，有53名葡萄牙人被打死。卡布拉尔非常愤怒，不分青红皂白地炮轰卡利卡特城，从凌晨一直打到深夜，并且洗劫在港口内的商船，杀害了无辜船民600人。这加深了葡萄牙与当地居民和穆斯林的长期仇恨。但是卡布拉尔的行为受到与沙末林有世仇的附近的柯钦、坎纳诺尔等小邦的欢迎，他们邀请卡布拉尔到他们的港口，卖给他们大批的香料。葡萄牙人充分利用了柯钦和卡利卡特的矛盾，在印度沿海建立了永久性的贸易据点和武装据点。这样，在东非海岸发生过的事又一次上演了，葡萄牙又一次利用当地人的分裂达到了自己的目的。
在卡布拉尔还未返回葡萄牙的时候，国王又派出了一支船队奔向印度，从此开始了一年一度的远征印度。1501年7月底，卡布拉尔回到了葡萄牙，在这次航程中，尽管他们损失了6艘船和许多人员，但他们的赢利超过了总花费的2倍。这是一次成功的航行，意味着阿拉伯人和威尼斯人对香料贸易的垄断已经被打破，更重要的是葡萄牙还留下了据点，为下一步控制香料贸易做好了准备。
用武力开辟商业之路
1502年，已被任命为印度洋海军司令的达?伽马又一次率队出征了，这一次是真正的出征，他的舰队由20艘船组成，其中的15艘装备有重炮，其目的也是在东非和印度的西南海岸建立起葡萄牙的统治。在今天坦桑尼亚南部港口基卢瓦，达?伽马要求当地的苏丹上船来商谈和平友好通商条件，但却背信弃义地扣留了他，然后以摧毁基卢瓦相威胁，强迫他每年向葡萄牙进贡。舰队继续北上，在坎纳诺尔附近他们遇到了一艘装满从麦加返回的穆斯林朝觐者的船，船上共有380多人，包括许多妇女和儿童。这艘船毫无抵抗地投降了，为了替在商站事件中死亡的葡萄牙人报仇，达?伽马在洗劫了船上所有人的财物和船上装载的货物后，下令把所有的人关进船舱然后放火烧船，有的人受不了炙烤，满身是火地跳入大海中。但达?伽马不为所动，几天之后船才被完全烧毁，仅有20名男童生还，他们被达?伽马送回葡萄牙，要他们皈依基督教。在与坎纳诺尔的土王结盟后，10月30日，达?伽马来到了卡利卡特。当时的印度分裂小国相互敌视，为了自保他们都很重视武装力量，但那只是陆军，海军力量则薄弱得可怜。沙末林被葡萄牙人的武力吓坏了，主动求和，表示将把杀害葡萄牙人的凶手交出并赔偿损失。这一次葡萄牙人的欲望增长了，他们直接要求沙末林驱逐城里所有的穆斯林，由他们独占当地的香料贸易。葡萄牙人规定了时限，为了打击卡利卡特的自信心，葡萄牙人把向他们兜售海鱼的38名渔民吊死在桅杆上，然后炮轰了卡利卡特。令人发指的是，在夜里，达?伽马命令砍下吊死的渔民的头、手和脚，把躯干扔进大海，然后把砍下的肢体堆在一条小船上，漂向城里，在小船上还放上一封信，说如果城里有人反抗，那么全城的人都要落到这样的下场。做完这些后，达?伽马再次炮轰全城，他用了7艘船封锁卡利卡特，然后率其余的船到达柯钦，在这里，他们与当地的统治者签订了对葡萄牙极为有利的贸易协议，其中规定，葡萄牙人有权在此设立据点，并独占柯钦的对外贸易。沙末林不甘心忍受葡萄牙人的欺凌奋起反抗，但由于武器和作战样式的落后，他的两次努力都失败了。1503年2月，达?伽马满载着香料回国，8个月后，他回到了里斯本。曼努埃尔国王鉴于达?伽马的巨大贡献，封他为“伯爵”，此后多年他平静地生活着，直到1524年4月他被任命为印度总督，但时间不长，这一年的12月，他死于印度柯钦。
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